Discovery Studio中,用户可以编写Script & Protocol完成分析任务,从而减少重复工作和人为误差,提升效率;也可以实现一些软件自身没有提供的定制化需求,从而满足大家更广泛的研究需求。
东方科软DS技术工程师针对大家的科研需求,收集整理了8个Script & 8个 Protocol,放在网盘里分享给大家,后续会不断添加完善,有需要的同学可以在公众号回复“DS脚本”领取。
部分脚本示例:
(资料图片)
如果有一个抗体序列,该抗体序列已经使用注释抗体序列协议进行了注释,并且该序列链接到一个结构,那么这个脚本将使您能够通过序列窗口中注释的相同颜色对蛋白质显示进行着色。下面的截图展示了执行脚本后的结构。
脚本提供一种方便的方法,可以在列表和图形视图中查看所有二硫键的长度。键长在“脚本”窗口的“输出”中报告,并在分子窗口的“图形”视图中作为二硫键的标签。
部分程序示例:
创建一个热图,显示在一个轨迹上涉及接口残留物的相互作用的数量。协议参数与“Analyze Protein Interface”协议相同。输出是作业报告中的热图(类似于下面所示的热图)和包含相同数据的csv文件。小心使用轨迹与太多构象,否则热图将只是一个黑盒。下面这个包含了20种构象的数据。
(更多Script和Protocol将持续更新……)
Discovery Studio 软件介绍
BIOVIA Discovery Studio是一款生命科学分子模拟软件,它为研究人员提供了一个完整的工具集,用于探索蛋白质化学的细微差别并促进小分子和大分子治疗药物的发现,帮助研究人员在抗体开发过程中扮演重要角色。
此外,DS软件还提供了抗体自动建模,可以轻松快速地从一组轻链和重链抗体序列以及经过策划的 PDB 抗体模板数据库生成高质量的 3D 抗体全长、Fab 或 Fv 模型(也可以实现对纳米抗体和双特异性抗体的3D建模)。
除此之外还提供了对抗体人源化建议和预测抗体及辅料对抗体的聚集效应。这些工具可以帮助研究人员更好地理解抗体的性质,并在开发和配方过程中尽早改进这些性质,从而加快产品上市的速度和降低总成本。
╱ 公司介绍 ╱
东方科软成立于2016年10月,总部设在北京,主要服务材料科学与生命科学两大领域的用户,为其提供模拟仿真软件、技术咨询、技术培训及技术支持服务。
公司打造行业领域产品生态圈,不断引进国内外各种先进产品与技术,为材料和药物的设计与创新提供综合解决方案。团队专业背景覆盖材料科学、物理、化学化工、石油石化、生物医药等重要领域,能为用户提供专业、高效、快捷、精准的技术支持与服务。
目前,我们已服务上百家相关学术及企业用户,为他们的产品研发和创新提供了强有力的科学信息软件技术服务与产品支持!
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